Nagy Imrét 1958. június 15-én szervezkedés kezdeményezése, vezetése és hazaárulás vádjával, a fellebbezés lehetősége nélkül ítélték halálra. Másnap kivégezték. És mint egy sorstragédiában: a Legfelsőbb Bíróság éppen 1989. július 6-án, azon a napon rehabilitálta a forradalom miniszterelnökét, amelyiken meghalt Kádár János, aki – „a törvényes eljárásnak szabad folyást engedve” – mindent megtett azért, hogy Nagy Imrét kivégezzék.
Egy ideig még az sem volt biztos, hogy lesz bűnper Nagy Imre miniszterelnök és társai ellen. Utána meg abban voltak bizonytalanok Kádárék, hogy nyilvános legyen-e a tárgyalás, vagy legalább propagandafilmen mutassák meg „történteket”. Végül zárt tárgyalást tartottak, és ugyan sok tízórányi filmfelvételt készítettek a tárgyalóteremben, de azt 1961-ben megsemmisítették. A perről szóló félórás propagandafilmet pedig elsüllyesztették, és csak a rendszerváltás után lehetett látni. Az egyik ok, ami miatt a rezsim elállt a film bemutatásától, éppen Nagy Imre a tárgyaláson tanúsított meghatóan egyenes és konokul következetes magatartása volt. A forradalom miniszterelnöke itt vált igazi hőssé, noha bátor kiállásának részleteiről a forradalom és a magyar nép szabadsága mellett – lévén, a per részleteit titokban tartották – csak kevesen tudhattak.
Megtehette volna, hogy életét mentse, behódol, megadja magát az új rezsimnek és a szovjeteknek. Nem tette, noha korábban a jugoszláv követségre menekülve már közel állt ahhoz. Élete tulajdonképpen két mondaton múlt: az egyik, hogy lemond a törvényes miniszterelnöki megbízatásáról, a másik, hogy elismeri Kádár Jánosék uralmát.
Vannak, akik szerint a Nagy Imre pere sokban hasonlít a sztálinista időszak koncepciós eljárásaira, például a Rajk-perre. Persze, ezek mind jogtipró eljárások és ítéletek voltak, az igazságszolgáltatás véres paródiái. Valójában azonban több volt a különbség, mint a hasonlóság. Például Nagy Imre esetében nem tudták kikényszeríteni a fővádlott megadó közreműködését, így aztán nem is lehetett előadni a szokásos, nyilvánosságnak szánt rituálét a bűnei súlya alatt összeomló, „mindent bevalló” bűnössel, akire teljes súlyával sújthat le a párt ökle. Vagyis Kádárék ugyan szerettek volna koncepciós pert, de végül el kellett állniuk tőle.
A bosszúról azonban nem tettek le. Biztosra mentek akkor is, amikor a tárgyalást elkezdő, de „bizonytalankodó” Radó Zoltán helyébe Vida Ferences nevezték a bírói tanács elnökének.
Nagy Imrét 1958. június 15-én Vida Ferenc bírói tanácsa szervezkedés kezdeményezése, vezetése és hazaárulás vádjával, a fellebbezés lehetősége nélkül ítélte halálra. A kegyelmi kérvény ugyanez a tanács még aznap indoklás nélkül utasította el. A miniszterelnököt honvédelmi miniszterével, Maléter Pállal és Gimes Miklós újságíróval együtt végezték ki. Holttestüket a Kozma utcai börtön udvarán kaparták el. 1961-ben kerültek át a rákoskeresztúri új köztemető jeltelen sírjaiba. S mint a forradalom megannyi áldozata, ők is csak 31 évvel haláluk után kaphatták meg a végtisztességet.