1947 nyarán a Nobel-díjas Szent-Györgyi Albert Svájcba indult üdülni. Jó barátja, Bay Zoltán fizikus, akivel a nyilasok és nácik ellen is egy oldalon harcolt, így fordult hozzá: – Albi, most ugye nem azért mégy el, hogy ne gyere vissza? Szent-Györgyi a szavát adta, hogy biztosan visszatér. Aztán nem így történt, legalábbis a hazautazás sokáig váratott magára. (Igaz, rövidesen Amerikában találkoztak, mert a berendezkedő Rákosi-rezsim elől Bay is emigrálni kényszerült.)
A pártonkívüli Szent-Györgyi professzor Svájcban értesült arról, hogy másik barátját, Zilahy Lajost letartóztatták. Ezek után döntött úgy, enged az invitálásnak, és Amerikában telepedik le. A tengerentúli tudományos közösség örömmel fogadta az eredeti észjárású tudóst, de a hivatalos Amerika már nem volt felhőtlenül boldog. A kommunistaellenes hisztériában csak 1955-ben sikerült állampolgárságot kapnia.
Pedig Szent-Györgyi sohasem volt kommunista. Az I. világháborúban szerzett megrázó élményei egy életre pacifistává tették, határozottan elutasította a nemzetek közötti véres versengést és a nacionalizmus minden formáját. Bár az 1937-es Nobel-díjának köszönhetően szabad útja lett volna a Horthy-korszak elitjébe, tartózkodott e lehetőséget kihasználni. A társadalmi problémák különösen izgatták kritikus elméjét, és ahogyan a tudomány gondjainál, úgy a politikai kérdéseknél is a legjobb megoldásának a demokráciát tekintette. Nézetei élesen eltértek az uralkodó rezsim ideológiájától.
A háború alatt Kállay Miklós miniszterelnök megbízásából előkészítendő a kiugrást veszélyes diplomáciai küldetést teljesített. A németek azonban tudomást szereztek a titkos akcióról, és Szent-Györgyi neve is felkerült halállistájukra. 1944-ben kalandos körülmények között sikerült a szovjetek által megszállt területre menekülnie. Eleinte még az is szóba került, hogy fontos politikai pozíciót kap, akár még államelnök is lehet.
A koalíciós időszak fojtogató évei alatt egyre sötétebbnek látta a magyar jövendőt, egyértelmű volt számára, hogy nem demokrácia épül, hanem ismét valami más. Bár személyes helyzete talán nem indokolta volna, hiszen akkoriban megbecsült társutasnak számított (Molotovnak írott távirata még az Andrássy út 60.-ból is „kiszabadította” barátját, Ráth István üzletembert), ám látva a siralmas tendenciákat, az emigráció mellett döntött.
Amerikában sem „csak tudós” volt. Ott sem hazudtolta meg önmagát, kiállt a vietnami háború és a fegyverkezés ellen. Az Őrült majom c. könyve pacifista bestsellernek számít ma is.
Idővel a hivatalos Magyarországgal is megbékélt, és a Kádár-rezsim nagy örömére többször járt hazájában, sőt még a koronaékszerek hazaszállítása ügyében is közvetített az amerikai és a magyar kormány között.