A honvédtábornokok és a volt miniszterelnök elleni perekben a hatalom lábbal tiporta a jogot, nem volt független a bíráskodás és nem voltak meg a tisztességes eljárás garanciái. Emellett az alkotmányosság két értelmezése feszült egymásnak. A birodalmi logika szerint az uralkodó nincsen alávetve a törvényeknek és az alkotmánynak. A jogállami logika szerint viszont az uralkodó sem áll törvények felett, önkényesen ő sem változtathat a kereteken.
A magyar szabadságharc idején Windisch-Grätz és Welden fővezérsége alatt az ellenséges császári erők és a hadbíróságok elsősorban kisebb vétkek elkövetőit végezték, illetve végeztették ki, a cél akkor még az elrettentés volt, nem a megtorlás. Julius Jakob von Haynau táborszernagy magyarországi fővezérré történő kinevezése (1849. május 30.) és különösen a világosi fegyverletétel (1849. augusztus 13.) után minden megváltozott. Immáron az egyértelmű cél a „fő bűnösök” megbüntetése és a megtorlás lett.
Nem tudni, mekkora szerepet játszott a véres megtorlásban Haynau személyisége, de hogy szerepe volt benne, az nyilvánvaló. Már 1848 tavaszán jelét adta, hogy nem fogadja el az új, független Batthyány-kormányt, ezért Itáliába vezényelték át. Az olasz hadszíntéren bizonyította, hogy jó katona, de kíméletlen ember. Bresciában tucatnyi embert végeztetett ki, és nőket botoztatott meg – derül ki Hermann Róbert történésznek a szabadságharcot követő megtorlás áldozatait sorra vevő összeállításából.
Haynau azt szerette volna, ha gyorsított eljárásban, valójában csak a személyazonosság és a katonai rendfokozat megállapítása után – pusztán azért, mert valaki a „császárnak szolgált, de átállt” – kimondanák a halálos ítéletet. Ormai (Auffenberg) Norbert ezredest így akasztották fel augusztus 22-én Aradon Haynau teljes megelégedésére. Kossuth szárnysegédjének „rapid” pere lett volna a minta a többihez.
A fiatal Ferenc József augusztus 29-iki részletes rendelete a felelősségre vonás eljárásrendjéről azonban valamelyest gátat szabott a megtorlás gőzhengerének. A bécsi minisztertanács pedig egyenesen arra utasította Haynaut, hogy a halálos ítéleteket végrehajtás előtt jóváhagyásra terjessze fel hozzájuk. Csakhogy a fővezér ezt nem vette figyelembe, mert a császár rendelete mindössze utólagos bejelentésre kötelezte. Haynau pedig nem adott kegyelmet.
Bécsnek valóságos mániájává vált, hogy a „magyar rebellió” és a bécsi forradalom között mindenképpen kapcsolatot találjon. Batthyány Lajost is azzal vádolták, hogy 1848. október 6-án a bécsi nép az ő mesterkedésének következtében ölte volna meg Latour hadügyminisztert. De azt is a lemondott, 1949. január 8 óta fogva tartott miniszterelnökünk rovására írták, hogy külföldi államokkal kapcsolatot tartott, uralkodói jóváhagyás nélkül papírpénzt bocsátott ki, újoncoztatott és népfelkelést szervezett Jellasics ellen. A képtelen vádak mellett azt sem engedték, hogy védője lehessen, pedig maga Deák Ferenc jelentkezett a feladatra. Ezzel együtt Batthyány ügyesen, mondhatni szellemesen védekezett, leginkább arról beszélt, hogy ő mint miniszterelnök az április törvények alapján éppenséggel köteles volt úgy eljárni, amiképpen tette.
És hogy „hibátlan” legyen a justizmord: augusztus 30-án felségárulás bűnében találták bűnösnek, teljes vagyonelkobzásra és kötél általi halálra ítélték. Történészek azt valószínűsítik, hogy a bíróknak titokban megsúgták volna, Batthyány gróf kegyelmet fog kapni az uralkodótól. Nem így történt. A miniszterelnököt a bécsi forradalom egyéves évfordulójára időzítve, 1849. október 6-án a pesti Újépületnél végezték ki. Végül nem a lótolvajoknak és más közbüntényeseknek kijáró, megszégyenítő akasztással, hanem – mert Batthyány a kivégzés előtti éjszakán a felesége becsempészte késsel felmetszette nyaki ütőerét – végül „lőporral és golyóval” hajtották végre ítéletét.
Ugyanezen a napon Aradon végeztek ki 13 honvédtábornokot. (Pontosabban Lázár Vilmos nem volt tábornok, de a szabadságharc utolsó napjain önálló seregtestet vezényelt, így került a vádlottak közé.)
A szabadságharc katonai vezetőinek bűnösségéről ítélkező hadbíróság 14 személyből állt, de csak egyetlen jogvégzett bíró volt közöttük, ő volt az elnök. Ő képviselte egyszemélyben a vádat és a védelmet is. Ő vezette a tárgyalást, és gyakorlatilag ő hozta az ítéletet is. Ma különösen abszurdan hat, hogy a tárgyalásnak ezek a mostanság szigorúan elkülönülő szereplői akkor egyetlen személyben testesültek meg, vagyis az elképzelések szerint „ideális esetben” Karl Ernst törzshadbíró koponyájában a különféle agyterületek között zajlott volna maga a tárgyalás. De független, ráhatásmentes bíráskodásról már csak azért sem lehetett beszélni, mert a bíró közvetlenül Haynau, közvetve a császár elvárásainak akart megfelelni.
A tábornokpereket viszonylag gyorsan lezavarták. Mindenki esetében felségsértést állapítottak meg, 13-ukat halálra ítélték. Koncepciós volt-e az eljárás? Abban az értelemben nem, hogy túlnyomó többségében olyan dolgokkal vádolták őket, amik megtörténtek. Viszont az ítéletek már az eljárás előtt megvoltak. Valamint jogilag nem voltak alátámasztva. Közjogilag érvénytelen volt az Országgyűlés 1848. október 3-iki feloszlatása. Jellasics sem számított királyi biztosnak, így rendelkezései valójában törvénytelenek voltak. Ferenc József pedig akkor még nem volt törvényes magyar király, sőt trónbitorlónak minősült, mert nem koronázták meg, és nem esküdött fel az ország törvényeire, ehhez képest királyként lépett fel. Pedig V. Ferdinánd király lemondása óta a magyar trón jogilag üres volt.
Hermann Róbert okkal hívja fel a figyelmet arra, hogy a perben az alkotmányosság két felfogása is megütközött. „A birodalmi logika szerint az alkotmány az uralkodó adománya, amelyet az bármikor visszavehet.” A tábornokok és „a magyar értelmezés az alkotmányt szerződésként fogta fel: olyan okmányként, amely mindkét fele kötelezi, s amely csak a két fél kölcsönös beleegyezésével módosítható.”
Akárhogyan is, végül érvényesült a megtorlás kegyetlen logikája. Október 6-ának hajnalán főbe lőtték Kiss Ernőt, Dessewffy Arisztidet, Schweidel Józsefet és Lázár Józsefet. Majd sorra következtek az akasztások: az aradi vesztőhelyen Poeltenberg Ernő, Török Ignác, Láhner György, Knézich Károly, Nagysándor József, Leiningen-Westerburg Károly, Aulich Lajos, a törött lábú Damjanich János és végül Vécsey Károly lelte halálát.