Az NKVD hóhérjai mintegy 22 ezer lengyel hadifoglyot és egyéb fogvatartottat mészároltak le néhány hét alatt. Többségükben tartalékos tisztek voltak, a lengyel elithez tartoztak, és Lengyelország felosztása elleni honvédő harcokban kerültek szovjet hadifogságba és börtönökbe. Sztálinék eltitkolták sötét bűnüket, igyekeztek a nácikra kenni, kevés sikerrel. Az el nem követett bűnökért mégis több tucat németet végeztek ki koncepciós perekben.
Lengyelország sorsát a hírhedett Molotov–Ribbentrop-paktum pecsételte meg. Az országot két oldalról támadták meg és igázták le. 250 ezer hadifogoly került a szovjet oldalra. Közülük kiválogatták a még munkára foghatókat, és akik hajlandók voltak a szovjet oldalon harcolni. A többiekre „nem volt szükség”. Róluk a döntés 1940. március 5-én született meg. Lavrentyij Berija belügyi népbiztos javaslatot tett Sztálinnak „a Szovjetunió megátalkodott ellenségeinek” minden előzetes eljárást nélkülöző, azonnali kivégzését. Így is lett. 14 700 hadifogoly és mintegy 11 000 fogvatartott, többségében tartalékos tiszt és értelmiségi került fel a halállistára.
A likvidálásra Katyńt, a Harkov melletti Pjatyihatkit és a Kalinyin (ma Tver) melletti Mednojét jelölték ki. A halálkonvojokban érkezőket előbb megkötözték, majd közvetlen közelről fejbelőtték, és még szuronnyal is átdöfték a mellüket.
A bajtársaik után érdeklődőket Sztálinék azzal próbálták lerázni, hogy a lengyel tisztek német fogságba eshettek vagy elszöktek Mandzsúriába… Miután azonban a németek megtámadták egykori szövetségesüket, a tömeggyilkosságok helyét pedig már 1942-ben felfedezték és 1943 februárjában feltárták, már nehéz volt palástolni a bűntényt. Azért a szovjetek mindent elkövettek. Konstruált perekben tucatjával ítéltek halálra német tiszteket. Volt olyan is, aki elismerte „bírái előtt” a bűnösségét, cserében ezért őt nem végezték ki. A hazugsággyártásban odáig vetemedtek, hogy még a nürnbergi per vádiratába is felvették a katyńi mészárlást, de azt végül nem rótták fel a német háborús bűnösöknek.
A nyugati szövetségeseknek ugyanis tudomásuk volt szovjet szövetségesük háborús bűneiről, de igyekeztek „nem bolygatni az ügyet”, és erre kérték a lengyeleket is. Ott azonban a létező szocializmus idején is megmaradt a seb, amit a titkolózás és tabusítás tovább mélyített, nem gyógyult be. Andrzej Wajda lengyel rendező, aki maga is katyńi árva, apját is megölték az oroszok, szép filmben idézi fel a hallgatás elviselhetetlenségét.
1990-ben aztán a szovjetek kénytelenek voltak elismerni, hogy a mészárlást az NKVD különítményei hajtották végre, és az áldozatoknak „az volt az egyetlen bűnük”, hogy lengyel katonatisztek voltak. Putyin alatt újranyitották a katyńi dossziét, de az orosz ügyészség ismét arra jutott, igen, volt tömeggyilkosság, de az nem minősíthető népirtásnak vagy emberiség/emberiesség elleni bűncselekménynek, ezért a lehetséges elkövetőknek már elévült a büntethetőségük.
70 évvel a tömeggyilkosságok után ennek már nem volt büntetőjogi jelentősége, hiszen a gyilkosok közül szinte senki nem élhetett már. Viszont az orosz álláspont szerint az elévülés azt is kizárja, hogy a családtagok kártérítést kaphassanak.
Katyńhoz azóta újabb lengyel tragédia kötődik. 2010-ben az évfordulós emlékünnepségre érkező Lech Kaczyński államfő gépe 96 fővel a fedélzetén Szmolenszk mellett zuhant le. Mindenki meghalt.