A 20 hónapon át tartó perben 22 SS-tagot állítottak bíróság elé. Egykor mindannyian Auschwitz-Birkenauban teljesítettek szolgálatot. Gyilkosságban való bűnrészességgel vádolták őket. A nürnbergi perekben elítélték már legfelső vezetőiket, a krakkói Auschwitz-perben pedig táborbéli közvetlen feletteseiket. A Majna parti frankfurti perben a német bíróság olyan személyek tetteiről mondott ítéletet, akik beosztottként vettek részt az öldöklésben. Sokszor „önként, kéjjel öltek, nem parancsra”.
Hannah Arendtnek az Adolf Eichmann tárgyalásáról szóló könyve megállapítja: a zsidók deportálása egyik fő szervezőjének jeruzsálemi pere sehol nem járt akkora következményekkel, mint Németországban, azaz az NSZK-ban.
Az egyik következmény, hogy 15 évnyi vonakodás után végre hozzáláttak a nácik büntetőjogi felelősségre vonásának. Eichmann 1960-as argentínai elfogása után Bonn attól tartott, hogy a jeruzsálemi per majd felerősíti a németellenes közhangulatot a világban, ezért a német állam meglehetős buzgalommal látott neki az országban élő nácik felkutatásának. Azért siettek, hogy az izraeli per nyilvános szakasza idején már legyenek német eredmények is. Igazság szerint már 1958-ban felállították a Náci Bűnöket Kutató Központot, de a tartományi hatóságok eleinte még vonakodtak. Pedig tulajdonképen nem is volt nehéz dolguk, mert sokan az egykori tömeggyilkosok közül még a nevüket sem változtatták meg.
Hogy „az egész német közélet tele volt egykor magas pozíciót betöltő nácikkal, ezt az Eichmann-per kezdetén mindenki tudta. […] de az összefonódások ijesztő mértéke és az a tény, hogy a közélet terhes múlttal bíró tagjai között tömeggyilkosok is találhatók, csak a legutóbbi években folyó perek fényében került napvilágra” – írja Arendt könyve 1964-es előszavában. (Mesés Péter fordítása.)
A jeruzsálemi per másik németországi következménye, hogy a német állam mindenáron igyekezett elkerülni az ún. „áldozati bíráskodást”, amelynek mintaesete lett az Eichmann-per. Amióta léteznek bíróságok az áldozatok és károsultak vagy azok hozzátartozói természetesnek tekintett módon alakítóan vettek részt a büntetőítéletek meghozatalában és a büntetés-végrehajtásban. Ezzel a gyakorlattal a modern (jogállami) büntetőjog igyekezett szakítani, mondván, a tisztességes eljárás egyik alapfeltétele, hogy olyan ne vádolhasson és ítélkezhessen, aki elfogult. Márpedig akinek rokonait legyilkolták, attól a büntetőeljárás professzionális szereplőjeként sem várható el, hogy minden harag és részrehajlás nélkül tegye a dolgát.
Így az Auschwitz-perre jelölt bírák közül is kizárták az olyanokat, akiknek nácik ölték meg rokonaikat. A tanács elnöke Hans Hofmeyer bíró lett. Ő már Hitler idején „szép karriert” futott be hírszerző katonatisztként és bíróként is. Ezt tudták róla 1963-ban is. Igaz, azt mostanában tárták fel, hogy mégis pontosan milyen perekben ítélkezett. Nők ezreit kényszerítette sterilizációra, mintegy 4000 beteg és fogyatékos embert, epilepsziásokat, vakokat, süketeket ítélt halálra. A nehezen kezelhető, és pszichés zavarokkal küzdő gyerekeknek sem kegyelmezett.
„Lesznek köztünk olyanok, akik nem tudnak többé egy gyerek vidám és boldog szemébe nézni anélkül, hogy ne jussanak eszébe azoknak a gyerekeknek a kérdő, bizakodó és aggodalommal teli tekintete, akik Auschwitz-ban végezték” – mondta a frankfurti ítélethirdetésénél Hofmeyer.
Ki lehet a megmondhatója, ebben a katartikus pillanatban vajon mit is gondolhatott egykori önmagáról.
A náci múltú bírót kisebb veszélynek ítélték meg az eljárás tisztességessége szempontjából, mint azt, aki esetleg „zsidó vagy a politikai szempontból akar majd bosszút állni a vádlottakon”. Hofmeyer mindenesetre ezesetben jól végezte dolgát, példásan szakszerűen és érzelemmentesen vezette a tárgyalást. A sajtótól kezdve a vádlottak védőiig mindenki elégedett volt vele.
Az 1965. augusztus 19-ig tartó frankfurti perben 319 tanút hallgattak meg, közülük 183-an voltak a népirtás túlélői. Az egykori áldozataikkal szembesített vádlottak többnyire tisztesnek tekintett polgárok voltak, mint például az egykori SS-százados Robert Mulka, a táborparancsnok Rudolf Höß adjutánsa, aki sikeres üzletember lett az NSZK-ban, és most 14 év börtönre ítéltek. A 22 vádlottból ötre szabtak ki életfogytiglani börtönt, ötöt mentettek fel vagy egészségi állapota miatt mentesítettek az eljárás alól, a többiek 4–14 éves szabadságvesztést kaptak.
Richard Baert is, aki Höß-t követte auschwitzi parancsnokként, sikerült elfognia a hatóságoknak. Álnéven bujkált és erdészként dolgozott. Letartóztatták, és a vizsgálati fogságban szívroham végzett vele.
Bármenyire igyekeztek elkerülni „az áldozati bíráskodást”, a vádat képviselő hesseni főügyész mindenben ellentétje volt Hofmeyer bírónak. Fritz Bauer zsidó volt, szociáldemokrata volt, antifasiszta emigráns volt és – mint később kiderült – homoszexuális is volt.
Nem tartotta magát „elsőszámú nácivadásznak”. Sőt, bár gyerekkora óta ügyész akart lenni, de nem volt a hagyományos értelemben vett ügyész sem, az „államügyész” elnevezést sem kedvelte. Mint Bárd Károly írja, Fritz Bauer szerint az ügyész nem az államrend képviselője, hanem az emberi jogok védelmezője az önkénynek a magánjellegű és állami változatával szemben: „Olyan, mint az ügyvéd, csak jobb kiadásban.”
Ő azok közé tartozott, aki Németország második világháborús szerepével való szembenézést nem kívánta nürnbergi nemzetközi büntetőperekkel lezártnak tekinteni. Azt akarta – sokáig eredménytelenül –, hogy végre német bíróságok vonják felelősségre a tömeggyilkosokat. Vitatta az adenaueri kalkulációt, amely szerint a hallgatás kegyelme nélkül nem lehet újraindítani az országot és megteremteni az új Németországot.
Bauer csalódottságában odáig ment, hogy ő maga adta a tippet az izraelieknek Eichmann argentínai bujkálásáról, gondolván, hogy ha már a németek nem, legalább az izraeliek bíróság elé állíthassák. Ezzel aztán Bauernek meghatározó szerepe volt abban, hogy a német állam és társadalom, főleg a fiatalság felriadt az amnéziából. Mégsem volt elégedett a frankfurti per eredményével.
Ebben valószínűleg tévedett. Mert nemzetközi összevetésben is ez volt az első nagy nyilvánosságot kapó náciper, amely kellő jogi alapossággal és részletességgel tárta fel a gyilkosságokat, a téboly szakipari módszerességét, és ítélte el a halálgyár működtetőit. A per hatása jóval túlmutatott Németországon.